Я пытаюсь создать графики частичной зависимости для моих полиномиальных предсказаний gbm, но я не смог выяснить, как получить правильные графики, те, которые я получаю, имеют одну строку вместо линии для каждого уровня моей переменной ответа (в моем случае это 3 разных названия видов). Я видел несколько примеров, но они требуют объектов, созданных с помощью других пакетов (не объектов gbm), и большинство примеров не включают полиномиальные переменные.
gbm fit
gbm.fit.final<-readRDS(file = "gbm_fit_final1_organism.rds")
получение таблицы с Важность переменной
summary.gbm<-summary(
gbm.fit.final,
cBars = 10,
method = relative.influence,
las = 2)
Таблица выглядит следующим образом:
var rel.inf
MA0356.1 22.641689
MA1071.1 21.707397
MA0311.1 16.010605
MA0210.1 7.249431
MA0271.1 4.958186
Я использовал следующий код для создания графика частичной зависимости для наиболее важной переменной-предиктора:
gbm.fit.final %>%
partial(pred.var = "MA0356.1", n.trees = gbm.fit.final$n.trees, grid.resolution = 100, prob=T) %>%
autoplot(rug = TRUE, train = motifs_train.100) +
scale_y_continuous()
motifs_train.100 - это данные тренировки, которые я использовал для создания подгонки gbm (gbm.fit.final), я не уверен, нужно ли добавлять данные тренировки.
Я получил следующее сюжет:
график с одной линией
Я хотел бы получить график, подобный этому (думаю, мне нужно получить предельные вероятности):
график с линией для каждого уровня переменной ответа
Я очень новичок в пакете gbm. Я не знаю, есть ли аргумент частичной функции, который я пропускаю, или есть ли лучшая функция для этого. Любая помощь будет оценена. Спасибо!