Если вы не используете один и тот же код в проектах, держите их отдельно. Вы можете установить свой личный репозиторий каждого из этих проектов как отдельный каталог. Зачем смешивать все ветви, объединять и комментировать, когда это не нужно.
О вашем редактировании: Перемещение из одного хранилища в другое. Вы всегда можете использовать команду transplant
. Хотя все это на самом деле побуждает ваше желание объединить оба, так что вы можете чувствовать себя неловко, используя мои предложения. Тогда вы можете использовать расширение леса, или что-то.
hg transplant -s REPOSITORY lower_rev:high_rev