Используйте &
для запуска команды в фоновом режиме.
Уничтожение ее
Запустив программу в фоновом режиме, вы даете идентификатор процесса. Вы можете вручную принять это к сведению и убить его позже.
Однако вы можете упростить свою жизнь, сохранив pid в файле с:
php -S localhost:9000 & echo $$! > background.program.pid
А потом убить с помощью:
kill $(shell cat background.program.pid)
Я использую этот шаблон довольно широко.