'131,54,112'
- это строка, поэтому это один аргумент.
131,54,112
- это три отдельных аргумента.
На самом деле я не уверен, возможно ли вообще пройти через одна переменная как три отдельных аргумента, что было бы не логично, лучше хранить значения отдельно, если вы хотите сделать их динамическими c, например:
$red = 131;
$green = 54;
$blue = 112;
$pdf->SetFillColor($red, $green, $blue);