Для создания базы данных, которую вы должны создать, вручную вы можете использовать IDE для этого или cmd для создания вашей БД
И для создания таблиц вы можете использовать create вместо обновления
<!-- Drop and re-create the database schema on startup -->
<property name="hbm2ddl.auto">create</property>
Это создаст схему, а затем вы будете использовать обновление для следующего запуска, если вы не хотите воссоздавать ваши таблицы