Если вы запустите весь блок кода сразу, вы получите эту ошибку:
> num = as.integer(readline(prompt="Enter a number: "))
Enter a number: flag = 0
Warning message:
NAs introduced by coercion
> # prime numbers are greater than 1
> if(num > 1) {
+ # check for factors
+ flag = 1
+ }
Error in if (num > 1) { : missing value where TRUE/FALSE needed
>
Сначала вам нужно ввести номер, а затем запустить следующие строки
> num = as.integer(readline(prompt="Enter a number: "))
Enter a number: 5
Один раз номер введен, вы можете продолжить.
> flag = 0
> # prime numbers are greater than 1
> if(num > 1) {
+ # check for factors
+ flag = 1
+ }
> print(flag)
[1] 1
>
Прочтите эту ветку для уточнения: Заставьте readline ждать ввода в R