Что вы можете сделать, это построить случайное отображение и использовать relabel_nodes .
Код:
# create a random mapping old label -> new label
node_mapping = dict(zip(G.nodes(), sorted(G.nodes(), key=lambda k: random.random())))
# build a new graph
G_new = nx.relabel_nodes(G, node_mapping)
Пример:
>>> G.nodes()
NodeView((0, 1, 2, 3, 4))
>>> G.edges()
EdgeView([(0, 1), (0, 2), (0, 3), (1, 2), (3, 4)])
>>> node_mapping
{0: 2, 1: 0, 2: 3, 3: 4, 4: 1}
>>> G_new.nodes()
NodeView((2, 0, 3, 4, 1))
>>> G_new.edges()
EdgeView([(2, 0), (2, 3), (2, 4), (0, 3), (4, 1)])