Насколько я понимаю, фактическая файловая структура в c: \ windows \ Microsoft.Net \ Framework имеет папки с установленными версиями .Net. На моем компьютере есть папки до версии 3.5 или
C: \ Windows \ Microsoft.Net \ Framework \ v3.5
.
С этим связано множество проблем, включая проблемы безопасности.
Второй и, возможно, лучший ответ - проверка реестра Windows.
HKEY_LOCAL_MACHINE \ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ \ Microsoft \ NET Framework Setup \ NDP
Ключ версии будет иметь значение, которое вы ищете.
Редактировать: вопрос stackoverflow относительно чтения реестра с Java.
чтение и запись в реестр Windows с использованием Java
Эта библиотека http://www.trustice.com/java/jnireg/ позволит вам читать реестр.