Получить последовательную модель и прогнозировать из нее.
output_features = original_sequential_model.predict(input_images_as_numpy)
Если вам нужны выходные данные «каждого» слоя, делайте то, что вы делаете, но с последовательной моделью:
outputs = [layer.output for layer in original_sequential_model.layers]
extractor = Model(original_sequential_model.input, outputs)
output_features = extractor.predict(input_images_as_numpy)
Если у вас нет оригинальная последовательная модель, она на сиамском net:
original_sequential_model = model.get_layer("sequential_1")
#or the name that appears in the summary.