Включаемый путь только для загрузки свойства, если оно не загружено по любой другой причине.
Невозможно отфильтровать коллекцию навигации, так как она устанавливает отношение. Он всегда имеет значение «все связанные сущности где-то еще».
Но мы можем отменить запрос, предполагая, что у classB есть свойство A класса A.
var query = _ctx.B
.Where(b => b.Qty >=10 && b.A.Flag);
.Include(b => b.A)
Предложение Where в этом case не будет загружать свойство B, это просто оценивается на сервере. Включение здесь действительно необходимо для заполнения свойства A.
Теперь вы получите список всех B с ассоциированными A. Если вы хотите, чтобы ваша коллекция A, вы можете сгруппировать по A
var query = _ctx.B
.Where(b => b.Qty >=10 && b.A.Flag)
.GroupBy(x => x.A);
Это приведет к коллекции A со всеми связанными B, которые имеют Qty> 10.