Давайте посмотрим, как вы экспортируете схему кандидата и компании:
module.exports = mongoose.model("Candidate", candidateSchema)
module.exports = mongoose.model("Company", companySchema)
Ваша схема токена должна выглядеть следующим образом:
let tokenSchema = new mongoose.Schema(
candidateId: { type: ObjectId, ref: "Candidate" },
comoanyId:{ type: ObjectId, ref: "Company" },
);