Вы можете сделать это с помощью структурированного numpy массива и необязательного ключевого слова order=
в сортировке numpy :
>>> x = np.array([(34.,22.),(11., 38.),(22.,56.),(23., 22.),(86.,30.)], dtype = [('x',float),('y',float)])
>>> x
array([(34., 22.), (11., 38.), (22., 56.), (23., 22.), (86., 30.)],
dtype=[('x', '<f8'), ('y', '<f8')])
>>> x.sort(order = ['y','x'])
>>> x
array([(23., 22.), (34., 22.), (86., 30.), (11., 38.), (22., 56.)],
dtype=[('x', '<f8'), ('y', '<f8')])