Разрыв между Rundeck 2.6.X и 3.2.X большой. Итак, главный совет - создать новый экземпляр с последней версией и импортировать ваши проекты (из вашей Rundeck 2.6.9), заново создавая узлы и ключи ресурсов. Взгляните this .
В любом случае, вы можете следовать руководству this (для экземпляра на основе RPM), чтобы обновить ваш экземпляр. Просто убедитесь, что тестировали в безопасной среде.