почему выходные файлы ggplot больше не отображаются? - PullRequest
Новая
       8

почему выходные файлы ggplot больше не отображаются?

1 голос
/ 27 марта 2020

С помощью этого форума я создавал анимированные карты данных covid-19 за последние пару дней для работы. За исключением нескольких оверлеев, которые запрашивал мой офис, я использовал скрипт basi c: 

library(urbnmapr) # For map
library(ggplot2)  # For map
library(dplyr)    # For summarizing
library(tidyr)    # For reshaping
library(stringr)  # For padding leading zeros
library(ggrepel)
library(ggmap)
library(usmap)
library(gganimate)
library(magrittr)
library(gifski)

# Get COVID cases, available from:
url <- "https://static.usafacts.org/public/data/covid-19/covid_confirmed_usafacts.csv"
COV <- read.csv(url, stringsAsFactors = FALSE)

Covid <- pivot_longer(COV, cols=starts_with("X"),
                      values_to="cases",
                      names_to=c("X","date_infected"),
                      names_sep="X") %>%
  mutate(infected = as.Date(date_infected, format="%m.%d.%Y"),
         countyFIPS = str_pad(as.character(countyFIPS), 5, pad="0"))

# Obtain map data for counties (to link with covid data) and states (for showing borders)
states_sf <- get_urbn_map(map = "states", sf = TRUE)
counties_sf <- get_urbn_map(map = "counties", sf = TRUE)

# Merge county map with total cases of cov
counties_cov <- inner_join(counties_sf, Covid, by=c("county_fips"="countyFIPS"))

setwd("C:/mypath")
p <- counties_cov %>%
  ggplot() +
  geom_sf(mapping = aes(fill = cases), color = NA) +
  geom_sf(data = states_sf, fill = NA, color = "black", size = 0.25) +
  coord_sf(datum = NA) +   
  scale_fill_gradient(name = "Cases", trans = "log", low='green', high='red',
                      na.value = "white",
                      breaks=c(1, max(counties_cov$cases))) +
  theme_bw() + 
    theme(legend.position="bottom", 
        panel.border = element_blank(),
        axis.title.x=element_blank(), 
        axis.title.y=element_blank())

print(p + transition_time(infected) + 
        labs(title='Confirmed COVID-19 Cases: {frame_time}'))

png_files <- list.files("C:/mypath", pattern = ".*png$", full.names = TRUE)
st = format(Sys.time(), "%Y-%m-%d")
gifName <- paste("COVID-19-Cases-byCounty_",st,".gif",sep="")
gifski(png_files, gif_file = gifName, width = 800, height = 600, delay = 0.25, loop=FALSE)

Это прекрасно работало. Это займет около 30 минут на моем ноутбуке, но когда он был закончен, у меня было ~ 100 .png файлов, представляющих данные каждого дня, и анимированный GIF-файл, который соединил их все вместе, в рабочем каталоге.

Ранее сегодня я обновил пакеты ... не обращали особого внимания, просто использовали диспетчер пакетов RStudio для проверки обновлений и сказали обновить все.

Сначала я получил ошибку 

Error: stat_sf requires the following missing aesthetics: geometry

Мне кажется, я это исправил изменив 

geom_sf(mapping = aes(fill = cases), color = NA) +

на 

geom_sf(mapping = aes(fill = cases, geometry=geometry), color = NA) +

Теперь, когда скрипт запускается, я получаю индикатор выполнения рендеринга, как я видел раньше. В средстве просмотра RStudio есть даже анимированная карта. Но в рабочем каталоге не появляются файлы .png, поэтому gifski не из чего создать gif-файл.

Что нужно сделать, чтобы вернуть выходные файлы ? Это а) заставляет меня чувствовать себя очень глупо и б) удерживает меня от перехода на другую работу ...

Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 28 марта 2020

Вместо простой печати вы должны сохранить кадры вашей анимации. Попробуйте это: 

a <- p + transition_time(infected) + 
            labs(title='Confirmed COVID-19 Cases: {frame_time}')

animate(a, nframes = 24, device = "png", renderer = file_renderer("C:/mypath", prefix = "gganim_plot", overwrite = TRUE))

С аргументом nframes вы можете установить количество кадров, с помощью prefix вы можете установить префикс png-файлов.

...