Ответом является ваше сообщение об ошибке:
Either rewrite the query in a form that can be translated, or switch to client evaluation explicitly by inserting a call to either AsEnumerable(), AsAsyncEnumerable(), ToList(), or ToListAsync()
Таким образом, команда linq усложняет структуру сущностей. Вы должны написать более простую команду linq, например:
var users = context.Users.Where(x => x.UserSkills.Any(z => 1 == z.SkillId)).ToListAsync;
Но это не то, что вы хотите. Поэтому вы должны написать свой код для клиентской части, а не для базы данных.
Загрузить пользователей, а затем использовать свой код на клиентской стороне.