Итак, наконец, поскольку я не нашел решения (что-то не так с моим путем), я сделал текстовый файл, включающий все файлы .output с ls *.output > data.txt
. После этого используя:
files = read.table("./data.txt")
я делаю data.frame, включающий все мои файлы, и использую
files[] <- lapply(files, as.character)
Наконец, с помощью test = read.table(files[i,],header=F,row.names=1)
мы можем прочитать каждый файл, который хранится в i (я = нет линии).