Начиная с Visual Studio 2008 и далее, вы можете выбрать конкретную версию .Net Framework - 2.0, 3.0 или 3.5
.
До VS2008 его исправили -
VS2005 предназначается для .Net Framework v2.0
VS2003 предназначается для .Net Framework v1.1
VS2002 предназначается для .Net Framework v1.0
Если вы укажете цель, для нее потребуется ЧТ-перикулярная версия .Net Framework.
ИСПРАВЛЕНИЕ: Он будет работать на ТО версии или более поздней, совместимой.