Ваша flask конфигурация неверна.
app.config['MySQL_USER'] = 'root'
Здесь ключ MySQL_USER является неправильным ключом. Вам нужно использовать ключ 'MYSQL_USER' (здесь важен регистр)
app.config['MYSQL_USER'] = 'root'
(то же самое для других элементов конфигурации)
См. документы
В настоящее время ваше приложение flask использует учетные данные по умолчанию, которые являются именем пользователя вашего компьютера и без пароля (отсюда и ошибка)