Как мне создать / прочитать / записать XLinq и / или VB XML Literal из и в зашифрованные XML-файлы?
Вы просто загружаете XML в память, расшифровываете и затем делаете все, что захотите. Не существует способа прямого манипулирования уже зашифрованным XML без предварительной расшифровки, поскольку это просто сводит на нет шифрование.