пиксели в выбранном изображении могут быть однозначно идентифицированы как набор индексов, сохраненных как одномерный вектор. пока ваше второе изображение имеет одинаковый размер, вы можете манипулировать пикселями, используя тот же индексный вектор.
см. пример ниже
im1=peaks;
threshold=0;
im2=-im1;
idx=find(im1>threshold);
mask=zeros(size(im2));
mask(idx)=1;
imagesc(im2.*mask);
figure;
imagesc(im2);
hold on;
contour(mask);