Я не верю, что в Eclipse есть какая-либо встроенная поддержка для удаленного запуска ant-скриптов (это, в конце концов, не очень распространенный вариант использования). Альтернатива - запустить ant-скрипт, используя ssh в качестве внешней программы. Вы не получите настройки Ant Builder, но в противном случае он должен работать.