Монокль: ошибка в RANN :: nn2 (данные, данные, k + 1, searchtype = "standard"): нет точек в данных

Question

Я пытаюсь установить подмножество набора данных из объекта Seurat3 для траектории, используя Monocle (не Monocle3), следующим образом:

mono <- subset(Seurat.combined,idents=c(0,2,3,5))

Затем сконструировал монокль CDS (mono_cds), используя newCellDataSet, и я получил ошибку, когда Я называю reduDimension:

mono_cds <- reduceDimension(mono_cds, max_components = 2,
                        reduction_method = "DDRTree")

DDRTree will be eventually deprecated in reduceDimension call and be used in learnGraph function instead. We are calling learnGraph for you now.
Error in RANN::nn2(data, data, k + 1, searchtype = "standard") : 
  no points in data!
In addition: Warning message:
In (function (data, pd, k = 20, weight = F, louvain_iter = 1, resolution = NULL,  :RANN counts the point itself, k must be smaller than
the total number of points - 1 (all other points) - 1 (itself)!
Timing stopped at: 0.008 0 0.008

Проблема может быть вызвана подмножеством объекта Seurat. Если я не подмножеству набора данных и не использую весь объект Seurat3 для создания CDS монокля, проблем не возникает.

Я использую monocle_2.99.3 и Seurat 3.1.2.

Любая помощь? Спасибо!