Tomcat использует Jasper для управления JSP, в документации есть некоторые рекомендации по предварительной компиляции JSP. После однократного запуска сервера вы можете скопировать каталоги на целевой диск.
В качестве альтернативы, Ant имеет (не рекомендуется) JSP-компиляцию задачу.
Обновление: есть блог , в котором описано, как использовать Ant для компиляции ваших JSP.