R: M3 C library - Дублирующее сообщение об ошибке row.names - PullRequest
Новая
       24

R: M3 C library - Дублирующее сообщение об ошибке row.names

0 голосов
/ 28 марта 2020

Я пытаюсь запустить консенсусную кластеризацию, используя библиотеку M3 C в R. Мой набор данных содержит 451 выборку и ~ 2500 генов. Имена строк - это идентификаторы ENTREZ (цифры c значения) генов. Я провел перекрестную проверку набора данных с помощью команды any (duplicated (colnames (MyData)))), чтобы убедиться, что в именах строк нет повторяющихся записей. Я выполнил следующую команду для выполнения согласованной кластеризации с использованием библиотеки M3 C: 

res <- M3C(MyData, cores=8, seed = 123, des = annotation, removeplots = TRUE, analysistype = 'chi', doanalysis = TRUE, variable = 'class')

Я получаю следующую ошибку: 

Warning message:
"non-unique values when setting 'row.names': "

Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value): duplicate 'row.names' are not allowed
Traceback:

1. M3C(MyData, cores = 8, seed = 123, des = meta, removeplots = TRUE, 
 .     analysistype = "chi", doanalysis = TRUE, variable = "class")
2. M3Creal(as.matrix(mydata), maxK = maxK, reps = repsreal, pItem = 0.8, 
 .     pFeature = 1, clusterAlg = clusteralg, distance = distance, 
 .     title = "/home/christopher/Desktop/", printres = printres, 
 .     showheatmaps = showheatmaps, printheatmaps = printheatmaps, 
 .     des = des, x1 = pacx1, x2 = pacx2, seed = seed, removeplots = removeplots, 
 .     silent = silent, doanalysis = doanalysis, analysistype = analysistype, 
 .     variable = variable, fsize = fsize, method = method)
3. `row.names<-`(`*tmp*`, value = newerdes$ID)
4. `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = newerdes$ID)
5. `.rowNamesDF<-`(x, value = value)
6. stop("duplicate 'row.names' are not allowed")

Может ли кто-нибудь помочь мне решить проблему вопрос?

Спасибо

...