Вы можете создать три разные задачи dataflow, в которых вы можете установить тот же CSV, что и «назначение». Но не забудьте проверить опцию "Перезаписать данные в файл" unchecked.
В основном это плоский файл, поэтому проблем с индексацией не возникает. Но при создании строки подключения для каждого, вам потребуется ваш пример отформатированного файла (как место назначения). Таким образом, оно будет принимать каждое поле по умолчанию.