/ var / www/html является каталогом по умолчанию для apache конфигурации по умолчанию.
Prestashop предназначен для использования в Интернете root, поэтому независимо от того, что вы выбираете, вы должны адаптировать apache Конфигурация соответствует каталогу, где на самом деле находится prestashop.
При этом вам следует go для / var / www/yourdomain.com или /opt/website/yourdomain.com (я думаю, что он больше подходит Стандарт файловой иерархии).
Люди иногда используют / var / www/domain.com/public_html, чтобы они могли помещать в / var / www/domain.com какой-то частный контент, который может использоваться их веб-сайтом, но не обращен к сети.
Используйте вложенные подкаталоги, если у вас нет причин для этого. Go для самого простого пути.