На основе документов у вас есть несколько вариантов.
Следует иметь в виду, что файлы журналов никогда не будут увеличиваться больше чем на 2% от выделенного хранилища.
В соответствии с документами
Журнал медленных запросов MySQL, журнал ошибок и общий размер файла журнала ограничены не более чем 2 процентами от выделенного пространство хранения для экземпляра БД
Поведение зависит от параметра log_output, который по умолчанию равен TABLE.
Вы можете обновить значение log_output до FILE для принудительного ротации журналов каждые 1 час, но не забывайте о различиях между этими значениями параметров