Последние обновления в MacPorts испортили netcdf4 (используя HDF5 в качестве хранилища). В R обе библиотеки Netcdf (ncdf4, RNetCdf) порвали с недавним обновлением netcdf4 в MacPorts.
Ошибка зависит от того, через какой пакет вы вызываете netcdf4, но появляется сообщение об ошибке, например: «NetCDF: Ошибка фильтра: фильтр не определен для переменной»
Копание глубже текущей установки hdf5 нет кажется, больше поддерживает zlib, который требуется для сжатия в чанкованных файлах.
Похоже, что в настоящее время невозможно обновить R или netcdf4 на Ma c, если вы используете фрагментированные файлы hdf5.