Я думаю, что вы хотите включить:
"workbench.editor.closeOnFileDelete": true, // default is false
Управляет тем, должны ли редакторы, показывающие файл, который был открыт во время сеанса, автоматически закрываться при удалении или переименовании каким-либо другим процессом. Отключение этого будет держать редактор открытым для такого события. Обратите внимание, что удаление из приложения всегда закроет редактор и что грязные файлы никогда не закроются для сохранения ваших данных.
Файлы будут немедленно удалены в vscode при удалении из другого приложения - если это то, что вы хотите, а не только при переключении веток.