Содержит ли ваш файл Excel какие-либо макросы? Если нет, то ваша проблема вызвана чем-то другим (например, проблема с сетью при попытке сохранить в сетевой путь).
Если ваш файл Excel содержит какие-либо макросы, то я бы посоветовал вам добавить отладку строка в начале каждого макроса, чтобы вы знали, какой макрос запускается в данный момент. Это может помочь вам понять, какой макрос отнимает столько времени.
Когда у вас есть эта информация, и она все еще не ясна, вы можете отредактировать свой вопрос и добавить код макроса, который так сильно замедляется. Может быть, есть какое-то l oop, отнимающее много времени.