Lua не знает и не заботится о том, что такое каталог, и не может изменить его текущий каталог.
Для этого вам понадобится библиотека c, определяемая платформой, как luaposix в системах POSIX. В качестве обходного пути вы можете запросить текущий рабочий каталог, вызвав другую программу с io.popen()
и проанализировав вывод, но это не позволит вам сменить каталог.