Основываясь на наблюдении СиДжея Йетмана, я деактивировал все неиспользованные упакованные и повторно вводил их по одному для тестирования. Это сузило проблему до chorddiag, который, как оказывается, должен быть присоединен library() в обоих server.R и ui.R, даже если ни одна из его функций будут использоваться в приложении.