Если я вас правильно понимаю, это можно сделать довольно просто с помощью XlsxWriter :
import pandas as pd
df = pd.DataFrame({
'Numbers': [1, 2, 3, 4, 5],
'Letters': ['a', 'b', 'c', 'd', 'e']
})
with pd.ExcelWriter('new_data.xlsx', engine='xlsxwriter') as writer:
df.to_excel(excel_writer=writer, sheet_name='Filter', index=False)
worksheet = writer.sheets['Filter']
# set up autofilter
worksheet.autofilter(0, 0, len(df.index) - 1, len(df.columns) - 1)