Вы можете скопировать их в папку веб-приложений / bin. Когда вы загружаете в систему управления версиями (SourceSafe / SVN / etc), они будут доступны для совместного использования. Это переопределит то, что найдено в GAC.
Кроме того, вы все еще можете разрабатывать свои проекты с помощью DLL, зарегистрированных в GAC. Каждый разработчик может по-прежнему регистрировать библиотеки DLL в GAC независимо.