Как вы читаете в своих листах Excel?
Используете ли вы xlsx -package ? Он имеет множество опций
install.packages("xlsx")
library("xlsx")
, в противном случае с помощью базы R вы можете исправить имена столбцов с помощью
names(df)<-make.names(names = names(df), unique = T)
или с помощью Tribble
new_df<-tibble(df, .name_repair = "universal")
и затем преобразовать обратно в CSV / XLSX