Кажется, это ошибка, обходной путь - использовать QWidget в качестве контейнера:
class MainWindow(QMainWindow):
def __init__(self):
super().__init__()
menu = self.menuBar()
search = QLineEdit()
search.setFixedWidth(200)
container = QWidget()
layout = QVBoxLayout(container)
layout.setContentsMargins(0, 0, 0, 0)
layout.addWidget(search)
menu.setCornerWidget(container)