Клиент Subversion сообщает «Пропущено», когда вы пытаетесь обновить что-то, что не является частью рабочей копии (то есть не папка / файл, который был извлечен). Если бы мне пришлось угадывать, я бы сказал, что сценарий perl неправильно указывает каталог / файлы, которые необходимо обновить, а svn по умолчанию использует текущий рабочий каталог, который не является рабочей копией.