Это решение, если вы хотите контролировать, какие файлы будут автоматически передаваться с помощью ASCII или BINARY без записи управляющих операторов для WinSCP в C#, вам нужно создать новый сеанс и в этом сеансе
AddRawConfiguration(@"Interface\CopyParam\Masks", ...)
Например:
using (var session = new Session())
{
var asciiFileMasks = "*.xsl; *.xslt; *.*html; *.htm; *.txt; *.php; *.php3; *.cgi; *.c; *.cpp; *.h; *.pas; *.bas; *.tex; *.pl; *.js; .htaccess; *.xtml; *.css; *.cfg; *.ini; *.sh; *.xml";
session.AddRawConfiguration(@"Interface\CopyParam\Masks", asciiFileMasks );//for automatic transfers, this list determines ascii or binary mode
///... do your thing
}