Независимо от запуска процесса в ОС, перезапуск сервера VPS приведет к его отключению. По сути, перезапуск ОС убивает все процессы.
Чтобы запустить процесс с ОС, нужно использовать инструменты ОС. Самые современные Linux дистрибутивы используют systemd для этой цели (устаревшее Ubuntu использовало upstart.)
Чтобы сделать для перезапуска процесса необходимо предоставить файл конфигурации service и включить службу перезапусков на целевом компьютере.