Ошибка преобразования Pando c с кодом 7 в документ html (с использованием Rmarkdown, Flexdashboard & knitr в среде Dockerized) - PullRequest
Новая
       90

Ошибка преобразования Pando c с кодом 7 в документ html (с использованием Rmarkdown, Flexdashboard & knitr в среде Dockerized)

0 голосов
/ 29 марта 2020

Я использую Pando c для преобразования документа Rmarkdown в html -документ. 

rmarkdown::render('ReportTemp.Rmd', output_file = paste0('TestDocument', '_', filename_invoice, '.html'),
                    envir = new.env(parent = globalenv()),
                    run_pandoc = TRUE)

Это прекрасно работает при локальном запуске в Rstudio. Но при выполнении этого в докеризированной установке вязание кажется нормальным go, но затем я получаю это странное сообщение об ошибке. 


output file: ReportTemp.knit.md

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS ReportTemp.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output Report_fake.html --email-obfuscation none --standalone --section-divs --template /usr/local/lib/R/site-library/flexdashboard/rmarkdown/templates/flex_dashboard/resources/default.html --variable 'theme:cosmo' --include-in-header /tmp/Rtmp95MPQt/rmarkdown-str179e2a9e3.html --mathjax --variable 'mathjax-url:ReportTemp_fake_files/mathjax-local/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --metadata pagetitle=DocssReportTemp.utf8.md --include-in-header /tmp/Rtmp95MPQt/file17545e146html --highlight-style pygments --include-before-body /tmp/Rtmp95MPQt/file1515f007c.html --include-after-body /tmp/Rtmp95MPQt/file15bd062c2.html

Error : pandoc document conversion failed with error 7

Я не могу найти ничего в ручном pando c об этом коде выхода 7. Кажется, он просто не существует.

Кажется, он производит правильный формат md., но не может преобразовать его в html -документ.

Кто-нибудь знает этот код и что происходит?

Лично я думаю, что это как-то связано с тем, как Rstudio вызывает pando c, а платформа R-base работает на О программе Pando c & Rstudio

Кажется, что Rstudio имеет сборку в более старой версии Pando c (1.12.x). Означает ли это, что более новые версии pando c (2.x) не работают с Rmarkdown 2.1.x?

Локально, в Rstudio у меня есть

  1. R-base v3 .6.3
  2. Платформа: x86_64-w64-mingw32
  3. Rmarkdown v2.1;
  4. Knitr v1.28
  5. Flexdashboard V0.5.1.1
  6. Pando c V2.9.2.1 (это отдельная установка, возможно, Rstudio использует другую версию, о которой я не знаю).

В изображении docker Я использую:

  1. R-base v3.6.3
  2. Платформа: x86_64-p c - linux -gnu
  3. Rmarkdown v2.1
  4. Knitr v1.28
  5. Flexdashboard V0.5.1.1
  6. Pando c V2.5

Любая помощь будет высоко ценится!

1 Ответ

0 голосов
/ 31 марта 2020

В конце концов, это как-то связано с переменными среды, которые я объявил / установил в начале сценария R. Все еще не уверен, почему он вызвал код выхода 7 (и что означает этот код). Но я счастлив, что это больше не повторилось.

...