Для строки запроса пометьте свои правила с помощью QSA (Query String Append).
То, что вы пытаетесь настроить, называется «фронт-контроллер», из которого уже достаточно много готовых. Возможно, вам стоит взглянуть на некоторые популярные PHP-фреймворки и выбрать ту, которая подходит вам.