Я не думаю, что имеет смысл использовать JPA в вашем случае.
JPA в основном касается функциональности CRUD, и кажется, что вы не используете ничего из этого.
Я рекомендую взгляните на пружины JdbcTemplate
, вероятно, она гораздо лучше соответствует вашим потребностям.