Я занимаюсь анализом данных, и мне нужно выполнить анализ избыточности. По моим данным, существует 34 различных участка, и для каждого участка существуют параметры почвы и морфологические признаки. Я хочу показать связь между параметрами почвы и морфологическими признаками на каждом участке. Я попробовал приведенный ниже код, и при построении RDA я получаю график для всех сайтов вместе, как показано на рисунке. RDA график для всех сайтов вместе
Однако я хотел бы построить RDA для каждого отдельного сайт отдельно. Подскажите пожалуйста, как мне это сделать?
library(vegan)
x<-read_excel("RDA_sample.xlsx")
MyData<- x[,2:15]
> MyData
PH EC Na Mg K OM Cl Ph PFW PDW RL RW NL SL
Multan 8.0 16.0 3100 0.534 250 0.72 1380 34.0 17.0 9.0 13.0 23.0 40.0 35.0
DGK 7.4 13.8 3000 0.621 300 0.67 1400 39.0 18.0 7.0 12.0 18.0 38.0 26.0
Murree 7.0 11.0 2700 0.511 230 0.83 1120 27.0 19.5 10.0 16.0 15.9 28.0 25.4
Bakhar 9.0 18.0 3500 0.573 200 0.55 1488 19.0 13.0 6.0 15.2 27.0 26.0 35.2
Chulist 11.0 15.3 3100 0.611 265 0.91 1230 33.0 21.0 8.0 10.0 23.0 32.0 27.0
Sargh 6.5 20.0 3800 0.771 211 0.45 900 17.0 22.0 4.3 9.8 18.6 32.6 28.0
Laya 11.2 13.9 3600 0.522 199 0.88 1311 34.2 18.4 7.1 11.2 24.0 22.0 26.0
NNS 10.0 16.0 3200 0.499 275 0.71 1520 31.3 15.0 8.6 16.0 11.0 38.0 39.0
FSD 7.0 17.0 3000 0.831 233 0.77 820 33.5 14.0 5.1 8.5 19.0 26.0 37.0
RWP 8.7 14.0 3500 0.348 222 0.94 1400 37.0 17.0 3.8 7.8 21.0 27.0 33.0
row.names(MyData)<-x[,1]
head(x)
str(x)
library(vegan)
fix(x)
soil=x[,2:8]
morph=x[,9:15]
fix(morph)
rankindex(soil, morph, indices =
c("euc", "man", "gow","bra", "kul"), stepacross= FALSE,
method = "spearman")
dbRDA=capscale(morph ~ PH+EC+Na+Mg+K+OM+Cl,
soil, dist="bray")
plot(dbRDA)
Большое спасибо, и ваша помощь будет высоко оценена.