Это то, что делает addSbtPlugin
: он добавляет соответствующие scalaVersion и sbtVersion к указанному артефакту (в вашем случае переопределяет то, что вы указали вручную).
Если вы хотите получить полный контроль, не используйте addSbtPlugin:
libraryDependencies += "com.eed3si9n" % "sbt-assembly" % "0.11.2" extra ("scalaVersion" -> "2.10", "sbtVersion" -> "0.13")
НО остерегайтесь, обычно такого рода вещи не будут работать, если вам не удастся добавить нужные атрибуты, подходящие для вашей версии SBT.
В вашем случае вы очевидно используют SBT 1.x, который в свою очередь использует Scala 2.12. Попытка использовать сборку артефакта с Scala 2.10, ie. для SBT 0.13.x, сломается.