Если используются функции array_diff () и array_values (), решение может быть доставлено в одной строке кода:
$array = [[0, 1, 2, 3, 4], [1, 2, 3, 4, 6]];
$array[1] = array_values(array_diff($array[1],$array[0]));
var_export($array);
Вывод:
array (
0 =>
array (
0 => 0,
1 => 1,
2 => 2,
3 => 3,
4 => 4,
),
1 =>
array (
0 => 6,
),
)