В Neo4j 3.xx данные пользователя и аутентификации хранятся в различных каталогах по адресу NEO4J_HOME/data/dbms, поэтому вам необходимо обязательно скопировать их при обновлении в 3.xx и синхронизировать c это самостоятельно, если вы используете кластер.
В Neo4j 4.xx мы ввели понятие системной базы данных для хранения данных пользователя, базы данных и безопасности, и она автоматически синхронизируется с кластером. Для резервного копирования / восстановления / обновления вам нужно будет включить системную базу данных при выполнении этих операций.
Таким образом, у нас не было концепции отдельной базы данных для этого до 4.0, она существовала только в отдельных файлах.