Как добавить к numpy массивы на основе условного вывода из функции? - PullRequest
0 голосов
/ 29 марта 2020

Учитывая эти кадры данных (в реальных данных может быть миллионы строк в каждом):

df1 =

   Start  End
0     10   20
1     25   35

df2 =

   Start  End
0     12   18
1      2    8
2     22   28

Где df1 можно считать основными диапазонами, а df2 - выборочными диапазонами, где мне нужно хранить смещения для каждого диапазона в df2 в виде набора столбцов. С помощью sammywemmy мне удалось получить вывод со смещениями:

# Import required modules
import numpy as np
import pandas as pd

# Define dataframes
df1 = pd.DataFrame([[10, 20], [25, 35]], columns=['Start', 'End'])
df2 = pd.DataFrame([[12, 18], [2, 8], [22, 28]], columns=['Start', 'End'])

# Create 2d numpy arrays
np_start1 = df1['Start'].to_numpy()
np_end1 = df1['End'].to_numpy()
np_start2 = df2['Start'].to_numpy()
np_end2 = df2['End'].to_numpy()

# Use numpy tiles to create shapes that allow elementwise math
tile_start1 = np.tile(np_start1, (len(df2), 1)).T
tile_end1 = np.tile(np_end1, (len(df2), 1)).T
tile_start2 = np.tile(np_start2, (len(df1), 1))
tile_end2 = np.tile(np_end2, (len(df1), 1))

# Do some math
np_start1_end2_diff = np.subtract(tile_start1, tile_end2)
np_start2_end1_diff = np.subtract(tile_start2, tile_end1)
np_start2_start1_diff = np.subtract(tile_start2, tile_start1)
np_end2_end1_diff = np.subtract(tile_end2, tile_end1)

# Create columns
col_start1_end2_diff = [f'S1-E2_{i}' for i in range(len(df2))]
col_start2_end1_diff = [f'S2-E1_{i}' for i in range(len(df2))]
col_start2_start1_diff = [f'S2-S1_{i}' for i in range(len(df2))]
col_end2_end1_diff = [f'E2-E1_{i}' for i in range(len(df2))]

# Create dataframes of calculated numpy arrays
df_start1_end2_diff = pd.DataFrame(np_start1_end2_diff, columns=col_start1_end2_diff)
df_start2_end1_diff = pd.DataFrame(np_start2_end1_diff, columns=col_start2_end1_diff)
df_start2_start1_diff = pd.DataFrame(np_start2_start1_diff, columns=col_start2_start1_diff)
df_end2_end1_diff = pd.DataFrame(np_end2_end1_diff, columns=col_end2_end1_diff)

# Lump calculated numpy arrays into output dataframe
df_output = pd.concat([
    df_start1_end2_diff,
    df_start2_end1_diff,
    df_start2_start1_diff,
    df_end2_end1_diff
], axis=1)

# Sort the columns by the digits at the end
filtered = df_output.columns[df_output.columns.str.contains('\d')]
cols = sorted(filtered, key=lambda x: x[-1])
df_output = df_output.reindex(cols, axis='columns')

print(df_output)

Вывод:

   S1-E2_0  S2-E1_0  S2-S1_0  E2-E1_0  S1-E2_1  S2-E1_1  S2-S1_1  E2-E1_1  S1-E2_2  S2-E1_2  S2-S1_2  E2-E1_2
0       -8       -8        2       -2        2      -18       -8      -12      -18        2       12        8
1        7      -23      -13      -17       17      -33      -23      -27       -3      -13       -3       -7
  • S1 = df1.Start
  • E1 = df1.End
  • S2 = df2.Start
  • E2 = df2.End

Часть, с которой я борюсь Мне также нужно добавить дополнительный столбец для каждой строки в df2 на основе вывода следующей функции:

def get_position(start1, end1, start2, end2):
    if start1 >= start2 and end1 <= end2:
        return 'A'
    elif start1 > end2:
        return 'B'
    elif start1 == end2:
        return 'C'
    elif start1 < end2 and end1 > end2:
        return 'D'
    elif start1 < start2 and end1 > start2:
        return 'E'
    elif end1 == start2:
        return 'F'
    elif end1 < start2:
        return 'G'

Целевой вывод должен быть следующим:

   S1-E2_0  S2-E1_0  S2-S1_0  E2-E1_0  Pos_0  S1-E2_1  S2-E1_1  S2-S1_1  E2-E1_1  Pos_1  S1-E2_2  S2-E1_2  S2-S1_2  E2-E1_2  Pos_2
0       -8       -8        2       -2      A        2      -18       -8      -12      B      -18        2       12        8      G
1        7      -23      -13      -17      B       17      -33      -23      -27      B       -3      -13       -3       -7      A

Как добавить Pos_{i} столбец для каждой строки в df2, который является выводом функции get_position()?

Является ли функция с кучей условий if / else даже хорошей идеей, когда мы иметь дело с миллионами строк? Я читал, что мы можем векторизовать функции для повышения производительности, но я не смог понять, как это сделать для get_position() в моем сценарии.

1 Ответ

0 голосов
/ 29 марта 2020

Вы можете векторизовать get_position(), используя np.select():

def get_position(start1, end1, start2, end2):
    return np.select([
        (start1 >= start2) & (end1 <= end2)
        start1 > end2,
        start1 == end2,
        (start1 < end2) & end1 > end2),
        # etc...
        ], ['A', 'B', 'C', 'D'], '?')

Теперь просто вызывайте его с целыми массивами start1, end1 и т. Д. Вместо отдельные ячейки.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...