Добавить фильтр, чтобы проверить, не является ли карта пустой:
List<Map<String, Object>> seqList = apList.stream()
.map(m -> m.entrySet().stream()
.filter(k -> k.getKey().equals(ATTR_SEQ_NO))
.filter(v -> String.valueOf(v.getValue()).equals(seqNumber))
.collect(Collectors.toMap(Map.Entry::getKey,
Map.Entry::getValue)))
.filter(m -> !m.isEmpty())
.collect(Collectors.toList());