Ваш вопрос немного двусмысленный, но может быть полезным следующее. Он добавляет условие к следующему правилу перезаписи, чтобы оно оценивалось, только если .php
не встречается в URI запроса.
RewriteCond %{REQUEST_URI} !\.php
RewriteRule # Your rewrite rule here