Вы можете выполнить прямой перевод читаемого пути Cygwin на Windows, предварительно добавив путь к вашей установке Cygwin (например, «C: / cygwin») к пути стиля Cygwin. Таким образом, "/ home / lib" станет "C: / cygwin / home / lib". В вашем make-файле у вас может быть переменная для добавления ко всем вашим путям, которая является пустой строкой на платформах, отличных от Windows, но становится правильным путем Cygwin в Windows.